Po svém návratu se pak celý život věnoval sepisování své slavné teorie o vývoji druhů, teorie, která i dnes zůstává zvláště v zemích se silně nábožensky založeným obyvatelstvem kontroverzní, a která způsobila převrat v tehdejším vědeckém světě a přetrvala dodnes. Darwinovo dlouhé, nebezpečné a často namáhavé bádání je cestou, která tím, že změnila jednoho člověka, změnila i směr vědy.