Zatímco Naruto i Sasuke pátrají po Itačim, Džiraija se vydává na průzkumnou misi do Vesnice ukryté v dešti. Jeho cílem není nikdo jiný než Pain, vůdce Akacuki. Hned od počátku se ale zdá, že je všechno trochu jinak, než předpokládal. Navíc se z minulosti začíná vynořovat dávné proroctví o Džiraijově volbě, která může svět nindžů zachránit nebo poslat do záhuby. Rozhodne se správně?